La historia de citrus gira en torno a Yuzu, una chica alegre y activa que se traslada a la ciudad junto a su madre con la intención de echarse un novio y vivir la vida en un nuevo instituto. Sin embargo, todos sus planes se verán frustrados y terminará asistiendo a un colegio sólo de chicas. Allí conocerá a Mei, la seria y fría Presidenta del Consejo Escolar que además resulta ser su hermanastra. Yuzu y Mei tendrán que convivir juntas, aunque en el proceso puede que comiencen a despertar en ellas sentimientos prohibidos. Durante el anime van despertando sentimientos mutuos.