En la primavera de 1998, un chico de 15 años llamado Koichi Sakakibara es trasladado a esa misma clase, ahí conoce a Mei Misaki, una chica bastante rara a la que tanto sus profesores como compañeros de clase ignoran. Inesperadamente una serie de asesinatos causa la desesperación entre los alumnos de la clase 3-3.